Hàm r norm trong r có nghĩa là gì

Chương này minh họa cách sử dụng các package janitor, dplyr, gtsummary, rstatix, và base R để tóm tắt dữ liệu và tạo bảng với thống kê mô tả.

Chương này bao gồm cách để tạo bảng cơ bản, trong khi đó chương bao gồm cách để định dạng đẹp và in chúng.*

Mỗi package này đều có những ưu và nhược điểm trong từng khía cạnh như sự đơn giản, khả năng tiếp cận kết quả, chất lượng kết quả được hiển thị. Sử dụng chương này để quyết định cách tiếp cận nào phù hợp với trường hợp của bạn.

Bạn có một số lựa chọn khi tạo bảng tóm tắt và bảng chéo. Một số yếu tố cần xem xét bao gồm tính đơn giản của code, khả năng tùy chỉnh, đầu ra mong muốn [được in ra R console, dưới dạng dataframe hoặc dưới dạng hình ảnh “đẹp” .png/.jpeg /.html] và dễ xử lý hậu kỳ. Hãy xem xét các điểm dưới đây khi bạn chọn công cụ cho tình huống của mình.

• Dùng

  # A tibble: 5 x 10

  variable n min max median iqr mean sd se ci

  1 age 5802 0 84 13 17 16.1 12.6 0.166 0.325

  2 ct_blood 5888 16 26 22 2 21.2 1.69 0.022 0.043

  3 ht_cm 5888 4 295 129 68 125. 49.5 0.645 1.26

  4 temp 5739 35.2 40.8 38.8 1 38.6 0.977 0.013 0.025

  5 wt_kg 5888 -11 111 54 25 52.6 18.6 0.242 0.475

  0 từ janitor để tạo và “làm đẹp” cho bảng và bảng chéo
• Dùng

  # A tibble: 5 x 10

  variable n min max median iqr mean sd se ci

  1 age 5802 0 84 13 17 16.1 12.6 0.166 0.325

  2 ct_blood 5888 16 26 22 2 21.2 1.69 0.022 0.043

  3 ht_cm 5888 4 295 129 68 125. 49.5 0.645 1.26

  4 temp 5739 35.2 40.8 38.8 1 38.6 0.977 0.013 0.025

  5 wt_kg 5888 -11 111 54 25 52.6 18.6 0.242 0.475

  1 từ rstatix để dễ dàng tạo data frame các tóm tắt thống kê dạng số cho nhiều cột và / hoặc nhóm
• Dùng

  # A tibble: 5 x 10

  variable n min max median iqr mean sd se ci

  1 age 5802 0 84 13 17 16.1 12.6 0.166 0.325

  2 ct_blood 5888 16 26 22 2 21.2 1.69 0.022 0.043

  3 ht_cm 5888 4 295 129 68 125. 49.5 0.645 1.26

  4 temp 5739 35.2 40.8 38.8 1 38.6 0.977 0.013 0.025

  5 wt_kg 5888 -11 111 54 25 52.6 18.6 0.242 0.475

  2 và

  # A tibble: 5 x 10

  variable n min max median iqr mean sd se ci

  1 age 5802 0 84 13 17 16.1 12.6 0.166 0.325

  2 ct_blood 5888 16 26 22 2 21.2 1.69 0.022 0.043

  3 ht_cm 5888 4 295 129 68 125. 49.5 0.645 1.26

  4 temp 5739 35.2 40.8 38.8 1 38.6 0.977 0.013 0.025

  5 wt_kg 5888 -11 111 54 25 52.6 18.6 0.242 0.475

  3 từ dplyr dành choo các thống kê phức tạp hơn, đầu ra của tidy dataframe hoặc chuẩn bị dữ liệu cho

  # A tibble: 5 x 10

  variable n min max median iqr mean sd se ci

  1 age 5802 0 84 13 17 16.1 12.6 0.166 0.325

  2 ct_blood 5888 16 26 22 2 21.2 1.69 0.022 0.043

  3 ht_cm 5888 4 295 129 68 125. 49.5 0.645 1.26

  4 temp 5739 35.2 40.8 38.8 1 38.6 0.977 0.013 0.025

  5 wt_kg 5888 -11 111 54 25 52.6 18.6 0.242 0.475

  4
• Dùng

  # A tibble: 5 x 10

  variable n min max median iqr mean sd se ci

  1 age 5802 0 84 13 17 16.1 12.6 0.166 0.325

  2 ct_blood 5888 16 26 22 2 21.2 1.69 0.022 0.043

  3 ht_cm 5888 4 295 129 68 125. 49.5 0.645 1.26

  4 temp 5739 35.2 40.8 38.8 1 38.6 0.977 0.013 0.025

  5 wt_kg 5888 -11 111 54 25 52.6 18.6 0.242 0.475

  5 từ gtsummary để tạo ra các bảng chi tiết sẵn sàng xuất bản
• Dùng

  # A tibble: 5 x 10

  variable n min max median iqr mean sd se ci

  1 age 5802 0 84 13 17 16.1 12.6 0.166 0.325

  2 ct_blood 5888 16 26 22 2 21.2 1.69 0.022 0.043

  3 ht_cm 5888 4 295 129 68 125. 49.5 0.645 1.26

  4 temp 5739 35.2 40.8 38.8 1 38.6 0.977 0.013 0.025

  5 wt_kg 5888 -11 111 54 25 52.6 18.6 0.242 0.475

  6 từ base R nếu bạn không có khả năng truy cập vào các package trên

Chuẩn bị

Gọi packages

Đoạn code này hiển thị việc gọi các packages cần thiết cho các phân tích. Trong sổ tay này, chúng tôi nhấn mạnh đến lệnh

## # A tibble: 5 x 10
##   variable     n   min   max median   iqr  mean     sd    se    ci
##                 
## 1 age       5802   0    84     13      17  16.1 12.6   0.166 0.325
## 2 ct_blood  5888  16    26     22       2  21.2  1.69  0.022 0.043
## 3 ht_cm     5888   4   295    129      68 125.  49.5   0.645 1.26 
## 4 temp      5739  35.2  40.8   38.8     1  38.6  0.977 0.013 0.025
## 5 wt_kg     5888 -11   111     54      25  52.6 18.6   0.242 0.475

7 từ pacman, giúp cài đặt các package nếu cần và gọi chúng để sử dụng. Bạn cũng có thể gọi các package đã được cài đặt với

## # A tibble: 5 x 10
##   variable     n   min   max median   iqr  mean     sd    se    ci
##                 
## 1 age       5802   0    84     13      17  16.1 12.6   0.166 0.325
## 2 ct_blood  5888  16    26     22       2  21.2  1.69  0.022 0.043
## 3 ht_cm     5888   4   295    129      68 125.  49.5   0.645 1.26 
## 4 temp      5739  35.2  40.8   38.8     1  38.6  0.977 0.013 0.025
## 5 wt_kg     5888 -11   111     54      25  52.6 18.6   0.242 0.475

8 từ base R. Xem chương để biết thêm thông tin về các package của R.

pacman::p_load[ rio, # File import here, # File locator skimr, # get overview of data tidyverse, # data management + ggplot2 graphics gtsummary, # summary statistics and tests rstatix, # summary statistics and statistical tests janitor, # adding totals and percents to tables scales, # easily convert proportions to percents flextable # converting tables to pretty images ]

Nhập dữ liệu

Chúng ta sẽ nhập bộ dữ liệu về các trường hợp từ một vụ dịch Ebola mô phỏng. Nếu bạn muốn theo dõi, bấm để tải xuống dữ liệu linelist “đã làm sạch” [as .rds file]. Nhập dữ liệu của bạn bằng hàm

## # A tibble: 5 x 10
##   variable     n   min   max median   iqr  mean     sd    se    ci
##                 
## 1 age       5802   0    84     13      17  16.1 12.6   0.166 0.325
## 2 ct_blood  5888  16    26     22       2  21.2  1.69  0.022 0.043
## 3 ht_cm     5888   4   295    129      68 125.  49.5   0.645 1.26 
## 4 temp      5739  35.2  40.8   38.8     1  38.6  0.977 0.013 0.025
## 5 wt_kg     5888 -11   111     54      25  52.6 18.6   0.242 0.475

9 từ package rio [chấp nhận nhiều loại tệp như .xlsx, .rds, .csv - xem thêm chi tiết tại chương ].

# import the linelist linelist % get_summary_stats[

age, wt_kg, ht_cm, ct_blood, temp,  # columns to calculate for
type = "common"]                    # summary stats to return`

## # A tibble: 5 x 10
##   variable     n   min   max median   iqr  mean     sd    se    ci
##                 
## 1 age       5802   0    84     13      17  16.1 12.6   0.166 0.325
## 2 ct_blood  5888  16    26     22       2  21.2  1.69  0.022 0.043
## 3 ht_cm     5888   4   295    129      68 125.  49.5   0.645 1.26 
## 4 temp      5739  35.2  40.8   38.8     1  38.6  0.977 0.013 0.025
## 5 wt_kg     5888 -11   111     54      25  52.6 18.6   0.242 0.475

age, wt_kg, ht_cm, ct_blood, temp,  # columns to calculate for
type = "common"]                    # summary stats to return`

age, wt_kg, ht_cm, ct_blood, temp,  # columns to calculate for
type = "common"]                    # summary stats to return`

age, wt_kg, ht_cm, ct_blood, temp,  # columns to calculate for
type = "common"]                    # summary stats to return`

age, wt_kg, ht_cm, ct_blood, temp,  # columns to calculate for
type = "common"]                    # summary stats to return`

age, wt_kg, ht_cm, ct_blood, temp,  # columns to calculate for
type = "common"]                    # summary stats to return`

age, wt_kg, ht_cm, ct_blood, temp,  # columns to calculate for
type = "common"]                    # summary stats to return`

age, wt_kg, ht_cm, ct_blood, temp,  # columns to calculate for
type = "common"]                    # summary stats to return`

## # A tibble: 5 x 10
##   variable     n   min   max median   iqr  mean     sd    se    ci
##                 
## 1 age       5802   0    84     13      17  16.1 12.6   0.166 0.325
## 2 ct_blood  5888  16    26     22       2  21.2  1.69  0.022 0.043
## 3 ht_cm     5888   4   295    129      68 125.  49.5   0.645 1.26 
## 4 temp      5739  35.2  40.8   38.8     1  38.6  0.977 0.013 0.025
## 5 wt_kg     5888 -11   111     54      25  52.6 18.6   0.242 0.475